色譜柱的保存色譜柱填充料的不同，其保存方法也各異。一般而言，大多數(shù)陰離子分離柱在堿性條件下保存，陽(yáng)離子分離柱在酸性條件下保存。需長(zhǎng)時(shí)間保存時(shí)（30天以上），先按要求向柱內(nèi)泵入保存液，然后將柱子從儀器上取下，用無(wú)孔接頭將柱子兩端堵死后放在低溫處保存。短時(shí)間不用，每周應(yīng)至少開(kāi)機(jī)一次，讓儀器運(yùn)行1—2h。

   色譜柱的清洗清洗色譜柱注意事項(xiàng)：清洗前，應(yīng)將分離柱與系統(tǒng)分離，讓廢液直接排出。另外，每次清洗后應(yīng)用去離子水沖洗10min以上，再用淋洗液平衡系統(tǒng)。清洗時(shí)的流速不宜過(guò)快，在1ml/min以下。

   無(wú)機(jī)離子的玷污離子半徑較大的無(wú)機(jī)離子與交換基團(tuán)結(jié)合，影響正常的交換分離。首先應(yīng)考慮用組分相同且濃10倍的淋洗液清洗色譜柱。清洗陰離子分離柱上的金屬離子（如Fe3+）使用0.1mol/L草酸。清洗陽(yáng)離子分離柱上的某些金屬（如Al3+）可使用1—3mol/L HCl。
   有機(jī)物玷污清洗色譜柱內(nèi)的有機(jī)物常用甲醇或乙腈，但對(duì)帶有羧基的陽(yáng)離子分離柱需要避免使用甲醇。低交聯(lián)度的離子交換樹(shù)脂填充的色譜柱（交聯(lián)度小于5%）清洗液中有機(jī)溶劑的濃度不宜超過(guò)5%。